18S rDNA/ITS真菌多(duō)樣性

原核微生物(wù)的16S rRNA、真菌的ITS基因、18S rRNA基因或特定的功能(néng)基因能(néng)夠用(yòng)于微生物(wù)的分(fēn)類鑒定和系統發育研究。

所屬分(fēn)類：

生物(wù)信息學(xué)

關鍵詞：18S rDNA/ITS真菌多(duō)樣性

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實驗介紹

　　原核微生物(wù)的16S rRNA、真菌的ITS基因、18S rRNA基因或特定的功能(néng)基因能(néng)夠用(yòng)于微生物(wù)的分(fēn)類鑒定和系統發育研究，廣泛應用(yòng)于微生物(wù)生态學(xué)研究中(zhōng)。近年來随着高通量測序技(jì )術及數據分(fēn)析方法的不斷進步，大量基于這些基因的研究使得微生物(wù)生态學(xué)得到了迅速發展。本項目采用(yòng)Illumina測序技(jì )術的增子測序，具(jù)有(yǒu)高通量和高精(jīng)度等優點，目前已成為(wèi)研究環境微生物(wù)群落組成和多(duō)樣性的主流方法。

實驗流程

提供結果

　　測序得到的原始下機數據經過拼接，過濾得到可(kě)供後續分(fēn)析的高質(zhì)量目标序列。後續生物(wù)信息學(xué)操作(zuò)使用(yòng)Usearch(http://www.drive5.com/usearch)和QIIME5等完成，統計和作(zuò)圖主要使用(yòng)R6、python和java等完成，主要操作(zuò)步驟概述如下：

　　16.序列拼接。

　　17.根據Barcode區(qū)分(fēn)樣品。

　　18.去除低質(zhì)量序列。

　　19.去除嵌合體(tǐ)。

　　20.在97%的相似性水平上進行OTU（Operational Taxonomic Units）的聚類。

　　21.挑選出OTU的代表性序列。

　　22.使用(yòng)物(wù)種分(fēn)類數據庫進行物(wù)種分(fēn)類信息的劃分(fēn)，數據庫信息見主目錄下的README.docx。

　　23.對代表性序列進行比對并過濾，然後重構建進化樹。

　　24.過濾掉不需要的OTU并進行重抽樣。

　　25.計算各個分(fēn)類水平上的豐度信息。

　　26.群落組成分(fēn)析。

　　27.Alpha多(duō)樣性分(fēn)析。